Прошло много лет после событий первого фильма. «9-й Отдел» по-прежнему выполняет свою работу. Киборгизированный полицейский Бато с партнером Тогусой после таинственного исчезновения "Майора" Мотоко Кусанаги назначаются расследовать серию убийств, совершенных прототипами гиноидов, самоуничтожающимися после этого. Но перед самоуничтожением один из таких гиноидов попросил Бато о помощи...