Оставшись после Четвёртого удара без своих Евангелионов, Синдзи, Аска и Рей находят убежище в одном из редких очагов человечества, которые всё ещё существуют на полуразрушенной Земле. Там каждый из них живёт своей жизнью, совсем не похожей на ту, которая была у них, когда они были пилотами Евы. Однако опасность для мира не миновала. На горизонте маячит новый Удар — тот, который окажется истинным концом Евангелиона. Наконец, запущен проект совершенствования человечества, и теперь Wille предстоит финальный изнурительный бой, чтобы предотвратить Последний удар.