Три года прошло с момента окончания войны между юпитерианцами и землянами. Акито [天河 明人] и Юрика [御統 ユリカ] считаются погибшими в крушении шаттла, случившемся годом позже. Малышка Рури Хосино продолжает нести службу, но уже сама командуя Надэсико. Благодаря успешному изучению бозоновых прыжков была начата реализация «Плана Хисаго» — создание обширной сети порталов, окажись которая не в тех руках, и быть беде. Что и происходит, когда сеть внезапно оказывается захвачена террористами «Наследники Марса» во главе с бывшим юпитерианским офицером, представляющим людей, недовольных итогом войны. Для секретного расследования ситуации прямо в гущу событий отправляется собранная вновь вместе старая команда Надэсико, у которых в пути появляется неожиданный союзник.