Ангелы продолжают свои непрерывные атаки, а в Nerv появляются два новых пилота: пилот павшего в первом же бою [[Евангелиона-05]] Мари Илластриэс Макинами [真希波・マリ・イラストリアス] и пилот [[Евы-02]], а позже [[Евы-03]] Аска Лэнгли Сикинами [惣流・アスカ・ラングレー]. В то же время Гэндо Икари [碇 ゲンドウ] и Seele приступают к проекту совершенствования человечества, в котором задействованы Рей [綾波 レイ] с Синдзи [碇 シンジ] и загадочный мальчик Каору Нагиса.