Освободившись от своих обязанностей с 501-ым секретным отделом, Мотоко Кусанаги [草薙 素子] теперь должна выполнять приказы Дайсукэ Арамаки [荒巻 大輔]. Кто-то взломал искусственный интеллект Логикомы [ロジコマ] и Бато [バトー] начинает собирать команду. Он заручается поддержкой бывшего армейского офицера разведки Исикавы [イシカワ] и специалиста по взрывчатке и подрывному делу Бомы [ボーマ]. Кусанаги также стремится привлечь к этому расследованию снайпера Сайто [サイト] и тайного агента Падзу [パズ]. Девятый отдел разворачивает очередную операцию.