Индекс (禁書目録), одну из главных персонажей истории и по совместительству причину большинства незаурядных событий, происходящих в Академия-Сити, по-прежнему преследуют влиятельнейшие волшебные общества. Сильные мира сего все еще намерены использовать имеющиеся в её голове 103 тысячи запрещенных Церковью гримуаров для достижения своих целей. В эти тяжелые времена ей, как и прежде, придется положиться на своего близкого друга Тому Камидзё (上条当麻), который вместе со вспыльчивой Микото Мисакой (御坂 美琴) и остальными товарищами не намерены оставлять подругу в беде.