События сериала разворачиваются в Академия-Сити, технологически продвинутом городе, расположенном на западе от Токио, где изучают усовершенствованных наукой людей, называемых эсперами. Нашлось в этом мире место и магии. Тома Камидзё [上条当麻] — ученик Академия-Сити, обладающий необычной правой рукой, имеющей силу под названием «разрушитель воображения». Любая магия или способность эсперов, к которой Тома прикасается своей рукой, тут же рассеивается, в том числе и его собственная удача... В один прекрасный день на перилах своего балкона Тома находит висящую девушку в монашеских одеждах. Она монахиня из Несессариуса, секретного магического отделения Церкви Англии. Зовут её Индекс [禁書目録], и в её разум были помещены 103000 книг, запрещённых церковью. Эта встреча и необычная сила собственной руки переносят Тому в центр конфликта, связанного с магами и эсперами.