В ходе своих странствий Сатоши, Айрис и Дент прибывают в Нью-Торк-сити. В это время пробудившиеся от многолетнего сна древние покемоны Генесекты, потерявшие ориентацию во времени, решают обосноваться в городе и сделать его их колонией. Нашим героям предстоит не только разобраться с причиной внезапного пробуждения Генесектов, но и найти способ как спровадить незваных гостей.