Мальчик по имени Юкинари спасает от охотника на покемонов хранителя леса Селеби [セレビィ], и он, используя свои силы, перемещает их обоих на 40 лет в будущее. Сбитого с толку Юкинари находят Сатоши [サトシ], Касуми [カスミ] и Такэши [タケシ], которые, разобравшись в ситуации, помогают ему добраться до целительного озера, чтобы вылечить пострадавшего покемона. Вскоре на них нападает член команды «R» по кличке «Мародёр в железной маске», который намерен поймать Селеби и с его помощью захватить мир. Сатоши и его друзьям предстоит предотвратить уничтожение заповедного леса и вернуть Юкинари в его время.