Третий фильм тетралогии. В отличие от первых двух фильмов, не является пересказом событий сериала. После того, как Мадока [鹿目 まどか] перестроила Вселенную, Хомура [暁美 ほむら] живёт в мире, где ведьмы больше не рождаются. Но отчаяние людей всё ещё проявляется в существах, известных как призраки, с которыми и сражаются девочки-волшебницы. Хомура продолжает бороться со своим одиночеством после расставания с Мадокой. В фильме также появляется новая волшебница по имени Нагиса Момоэ.