Год 0079 Вселенского Века. Человечество в связи с перенаселённостью Земли вынуждено эмигрировать на космические колонии, называемые Стороны. Сторона-3, провозгласив себя суверенным Герцогством Зеон, объявляет войну Земной Федерации. В то же время Амуро Рэй [アムロ・レイ] обнаруживает Гандам, секретное оружие Земной Федерации, способное изменить исход войны. С этих пор Амуро и экипаж крейсера «Белая база» должны противостоять Зеону для того, чтобы закончить войну.