Трейн Хартнет — печально известный стрелок по прозвищу Блэк Кэт («Black Cat»), хладнокровный убийца, работающий на организацию, известную как «Хронос», и имеющий на своём теле отметку с римской цифрой «13» — «XIII». Большая часть его жизни протекала в обстановке жестокости, что значительно повлияло на его характер: Трейн тих, нелюдим и безразличен к происходящему. Однако жизнь его меняется после встречи с загадочным «свипером» («sweeper», охотник за головами) по имени Сая. Её ни на что не похожий жизненный уклад живо заинтересовывает Трейна, но тут случается трагедия, в результате которой Трейн меняет свою прежнюю жизнь на жизнь охотника за головами, бок о бок работая со своими новыми друзьями — Свеном и Евой.