В далёком будущем человечество вновь столкнулось с угрозой в лице Теневых Ангелов, таинственных существ, которые вернулись после 12000 лет отсутствия. Они нападают на города и похищают жителей, чтобы использовать их прану — жизненную энергию. Противостоять Ангелам могут только люди со специальными способностями, которые учатся пилотировать Векторы, три древних корабля, вместе составляющие человекоподобное оружие — Акварион. История разворачивается вокруг Аполло, подростка, которого считают реинкарнацией Аполлония [アポロニアス], падшего ангела, боровшегося на стороне человечества против своего рода. Некоторые верят в это, некоторые — нет. Но вопреки всем сомнениям, непокорный и дикий Аполло займёт ведущую роль в новой битве с Теневыми Ангелами.