Мюнхен, Германия, 1923 год. Два года прошло с тех пор, как Эдвард Элрик попал в наш мир, оставив свою родину, друзей и младшего брата Альфонса [アルフォンス・エルリック] позади. Оставшись без своих алхимических способностей, в надежде когда-нибудь найти путь домой, он всё это время занимался изучением инженерного дела на пару с Альфонсом Хайдерихом [アルフォンス・ハイデリヒ], молодым человеком, необычайно похожим на его родного брата. Однако все его усилия не принесли никаких результатов. Но всё меняется, когда Эдвард протягивает руку помощи попавшей в беду цыганской девушке. По воле случая, он оказывается в самой гуще событий, способных принести разрушение обоим мирам. В это же время, в своём родном мире, Альфонс Элрик продолжает всё глубже погружаться в изучение тайн алхимии в поисках способа снова встретиться со своим братом.