Сюжет охватывает две временные ветки: одна рассказывает об инциденте в городке Нибельхайм с участием Зака [Zack Fair], Клауда [Cloud Strife], Тифы [Tifa Lockhart] и Сефирота; другая хронологически происходит после первой и рассказывает о побеге Зака и Клауда из научной лаборатории мегакорпорации «Shinra Inc.».