За двадцать лет до начала истории астероид Танатос, направлявшийся на Землю, разрушает Плутон. Столкновение с Плутоном приостановило астероид, но угроза всё ещё актуальна. Чтобы избежать разрушения Земли, организация МАИСС (Международное агентство изучения солнечной системы) работает над проектом «Д» и после нахождения яйца дракона в глубинах океана создаёт «Драгонавт». Основная цель этого оружия состоит в том, чтобы разрушить Танатос. Однако и пилоты, и учёные скоро узнают, что астероид далеко не единственная угроза — Землю начинают наполнять неизвестные существа. В это нелёгкое время юный Дзин Камисина [カミシナ・ジン] становится свидетелем убийства, совершённого одним из этих существ. В момент, когда он сам оказывается на краю гибели, его спасает таинственная девушка по имени Тоа [トア].