Прошло три года после событий, развернувшихся «Приключениях Дигимонов 02». Главные герои сталкиваются с различными подростковыми проблемами — в дружбе, любви и учёбе. Они уже не так близки, как были раньше, и медленно отдаляются друг от друга. В один день, когда у Таити [八神 太一] должен был состояться футбольный матч, а у Ямато [石田 ヤマト] — концерт с его группой, в Японию из Америки прилетела в гости Мими [太刀川 ミミ]. В это же время в наш мир проник Дигимон и напал на город перед глазами у Таити. Парня уже было загнали в угол, как вдруг появился Агумон [アグモン] и помог ему. Выясняется, что некоторые Дигимоны в цифровом мире были заражены. Теперь все Дигимоны-партнёры вернулись обратно к своим избранным детям, чтобы вместе снова спасти наш и цифровой миры. Груз, который обрушивается на плечи наших героев, становится для них слишком тяжёлым. Они начинают испытывать страх, неуверенность в себе, поддаются давлению со стороны прессы и окружающих людей. Ко всему прочему, в городе объявляется новый избранный ребёнок. Хоть главные герои и рады вновь увидеть своих старых друзей Дигимонов, им предстоит преодолеть множество трудностей.