Разразилась война с террором. Буквально за день Сараево было уничтожено самодельным ядерным устройством. Ведущие демократические государства превращаются в государства тотального надзора, и развивающийся мир захлёбывается под волной геноцида. Похоже, за разрушением мировой системы стоит таинственный американец Джон Пол. На агента разведки Клэвиса Шеперда [クラヴィス・シェパード] возложена задача выследить в руинах цивилизации Джона Пола [ジョン・ポール] и найти истинное сердце тьмы — орган геноцида.