Прямое продолжение фильма «[Аркадия моей юности]». Война против империи Иллюмидус, порабощающей и уничтожающей все на своём пути обитаемые планеты, окончательно проиграна — Земля полностью перешла в подчинение инопланетных захватчиков. Харлок и все его соратники объявлены врагами человечества и изгнаны с Земли. Однако Иллюмидус на этом не остановились. Харлок [キャプテン・ハーロック], Тотиро [大山トチロー] и Эмеральда [エメラルダス], под кодовыми номерами: S — 00999, S — 00998, X — 00001, объявлены в розыск. Пытаясь сражаться уже не только против Иллюмидуса, но и со множеством людей, желающих получить вознаграждение за головы разыскиваемых преступников, единственные защитники Земли продолжают свой путь.