Прошла тысяча лет с тех пор, как Солнечную систему уничтожила неизвестная раса Гауна. Это гигантские, практически неуязвимые твари, не имеющие разума. Выжившее население Земли сбежало из Солнечной системы на космических кораблях «Сидония», которые позволили сохранить человеческий род. Путешествуя в пространстве и спасаясь от преследования инопланетных существ, люди научились строить пилотируемые механизмы для своей защиты. Вся жизнь Нагатэ Таникадзэ [谷風 長道] прошла в изоляции на космическом корабле. После его обнаружения, в нем был замечен талант к управлению боевыми механизмами, и он начал обучаться пилотированию. Теперь он и его коллеги-пилоты ведут тяжелую и опасную войну против Гауна, борясь за выживание человечества.