Сакаки [サカキ], лидер команды «R», находит сбежавшего Мьюту [ミュウツー] в одном из отдалённых районов региона Джото и собирается вновь поймать его, похищая и используя в качестве приманки его подопечных, покемонов-клонов. В это время Сатоши [サトシ] и его друзья попадают в плен к новому члену команды «R» — Домино [ドミノ]. Начинается битва за жизнь, во время которой Мьюту предстоит понять, есть ли у покемонов, созданных с помощью науки, предназначение в жизни.