Тренер покемонов Кэнта [ケンタ] встречается со своей давней подругой Мариной [マリナ] в Центре покемонов. Ребята устраивают битву, чтобы узнать, насколько сильнее они стали с их последней встречи, но поединок прерывает совершенно внезапно начавшаяся гроза. Выясняется, что за этим стоят члены команды «R», Башо [バショウ] и Бусон [ブソン], использующие так называемую систему «Кристалл», которая притягивает всех покемонов электрического типа. Их цель — захватить легендарного покемона грома Райко [ライコウ] и доставить его Доктору Ширануй [シラヌイ博士] для последующий жестоких экспериментов. Смогут ли главные герои противостоять злоумышленникам?