Главной героиней этой истории является девушка по имени Мэдака Куроками [Medaka Kurokami], сильнейшая в академии Хаконива, она же и глава студенческого совета. Благодаря установленному ей ящику для предложений студенты могут оставлять свои просьбы о помощи 24 часа в сутки 365 дней в году. Вместе с членами совета Зэнкичи [Zenkichi Hitoyoshi], Коки [Kouki Akune] и Моганой [Mogana Kikaijima] она берется за решение любых проблем в академии, будь то сверхъестественные силы или просто любовные неприятности студентов. История продолжается. На сцену выходят новые герои и новые соперники. Таинственная организация «План Икс» начинает свою деятельность и сразу же направляет одного из своих агентов, лидера комитета общественной нравственности Мёри Унзэн, сразиться с Мэдакой. Но душа девушки тревожит еще одна вещь — председатель Хакама Ширануй продолжает свои попытки контроля над Мэдакой и учениками класса 13.