Одногодичная война подходит к концу. Потерпев поражение на Земле, силы Зеона отступают. Амуро Рэй [アムロ・レイ] узнаёт больше о своих Ньютайп-способностях и пытается использовать их. Ему суждено вновь столкнуться со злейшим врагом, Чаром Азнаблем [シャア・アズナブル], который тоже является Ньютайпом. Грядёт великая битва, близкие люди снова в опасности. Сможет ли Федерация Земли победить Герцогство Зеон, или они потерпят неудачу? Докажет ли Амуро [アムロ・レイ], что он лучший Ньютайп?