В 2009 году человеческая раса находится в центре межрасовой войны с инопланетными цивилизациями, называющими себя зельтране (мужская) и мельтране (женская). Вынужденные в прошлом покинуть родину, земляне движутся на космической крепости Макросс, прокладывая путь обратно на Землю в надежде снова обрести свой дом. Во время стычки с зельтранами молодой лётчик Хикару Итидзё [一条 輝] спасает восходящую певицу Линн Минмей [リン・ミンメイ]. Запертые на неисправном корабле, они знакомятся всё ближе, но совсем скоро, после возвращения на Макросс, зельтране захватывают Линн, а Хикару вместе с его координатором, офицером Мисой Хаясэ [早瀬未沙], ничего не остаётся, кроме как вернуться вместе со всеми на Землю, и только для того, чтобы увидеть гибель своей цивилизации. Теперь лишь найденная запись песни из далёкого прошлого вместе с голосом Минмей сможет переломить исход войны.