Действие фильма происходит через 6 месяцев после предыдущего. Фейт Тестаросса [Fate Testarossa] возвращается в Uminari City с Линди [Lindy Harlaown], как со своим опекуном, и живет обычной жизнью девочки-младшеклассницы вместе с Нанохой Такамати [Nanoha Takamachi] и ее друзьями. Но воссоединение друзей длится недолго, потому что на них нападают четверо, использующие древнюю магию и зовущие себя Wolkenritter (нем. Облачные Рыцари). К тому моменту, как их мотивы проясняются, Наноха [Nanoha Takamachi] и Фейт [Fate Testarossa] спешат остановить пробуждение артефакта, названного "Книгой Тьмы".