История вращается вокруг Кумаширо Маи [神代 マヤ], дочери бывшего директора Академии Валдштейн, и путешественника во времени Фумиаки Учиды [内田 文明]. В 2012 году Земля была захвачена пришельцами и несколько временных агентов были отправлены в прошлое, в 1999 год, чтобы найти и уничтожить некий объект, известный как Ключ Нострадамуса, который, если верить Предсказаниям Нострадамуса, и принесёт в наш мир апокалипсис. Действие сериала разворачивается в 1999 году, когда Мая возвращается в Академию, намереваясь уничтожить её, заняв недавно освободившееся место директора. Но её планы меняются, когда она встречает Фумиаки и узнаёт о надвигающемся апокалипсисе. Несмотря на то, что она не до конца поверила в эту историю, они заключают договор и начинают совместные поиски Ключа Нострадамуса…