Ученицам Православной академии Святого Михаила, Мафую Орибэ (織部 まふゆ) и Томо Яманобэ (山辺 燈), постоянно отравляют жизнь другие ученики во главе с дочерью декана, Миюри Цуджидо (辻堂美由梨), и её подругой Ханой Кацураги (桂木華). Всё изменилось, когда по пути из школы девушки наткнулись на лежащего без сознания юношу и забрали его к себе домой. Этим юношей оказался квайзер Александр Николаевич Хелл [Alexander Nikolaevich Hell], или просто Саша [Alexander Nikolaevich Hell], — адепт алхимии, владеющий способностью управлять химическими элементами и использовать их в бою. Сашу отправили в Академию Святого Михаила, чтобы он помешал таинственной организации «Афон» завладеть иконой Царицынской Богоматери, которая скрыта где-то в академии и по преданию способна дать ключ к величайшим загадкам мироздания. Сашина способность — манипуляции с железом. Например, он может легко создать огромную косу из любого подвернувшегося под руку железного предмета. А для использования своих способностей квайзерам требуется сома — особая магическая субстанция, которая очень похожа на женское молоко и которую можно получить из грудей учениц академии.