Однажды тёмной поздней ночью в городе Нью-Йорке Рю Хаябуса оказывается преследуем наёмными убийцами. Расправившись с ними, он выясняет, что они принадлежат к некой корпорации «Friedman Company», глава которой, доктор Нед Фридман, недавно потряс общественность своим заявлением об обнаружении лекарства от рака. С целью выяснить, зачем люди из этой корпорации преследовали его, он находит жилище доктора Фридмана, где сталкивается со своей подругой — журналисткой Сарой [サラ], также расследующей ситуацию вокруг таинственного доктора. Вместе они обнаруживают, каким ужасным образом Фридман пришёл к своему открытию и как это плотно связано с прошлым Рю. В этот момент возлюбленная Хаябусы, Айрин Лью, оказывается похищена неизвестными, и Рю вновь предстоит взять на себя роль Ниндзя-Дракона, дабы спасти её и разобраться с новой нависшей над миром угрозой.