Во время очередной остановки на спутнике планеты Хирайз, Мэйтел [メーテル] оказывается похищена. Тэцуро Хосино [星野鉄郎] пытается спасти её, однако в итоге Галактический экспресс 999 терпит крушение на планете. На спасение им отправляют отряд Космических Охранных Сил, в котором состоит Манабу Юки [有紀 学]. Теперь Тэцуро и Манабу предстоит не только спасти Мэйтел и пойманного во время крушения Проводника [車掌], но и разобраться, что скрывает эта планета и почему её убрали с галактической карты.