Прошло всего несколько недель с тех пор, как была одержана победа над Кэрол, но Хибики [立花 響] вновь сражается. Сражается из последних сил с самым грозным противником, известным человечеству — домашним заданием на лето. Однако, ей не суждено успеть до начала нового семестра — миру грозит новая опасность. Цубаса [風鳴 翼] и Мария [マリア･カデンツァヴナ･イブ], занимающиеся расследованием Александрийского инцидента, сталкиваются с Баварскими Иллюминатами — организацией, стоявшей за Кэрол и инцидентом Фронтира. Отправившись за ними в разрушенную войной южноамериканскую республику Вальверде, носители «Мехасимфоний» становятся свидетелями невиданной ранее силы, способной одолеть самого Бога.