Действия серии происходит спустя некоторое время после завершения оригинального сериала. По ходу сюжета мы встречаемся со всеми главными героями (хранителями дневников) сериала и узнаем, что Деус [Deus Ex Machina] все еще не может решить, каким образом избрать нового бога, а ведь времени осталось совсем мало. Юно Гасай [Yuno Gasai] из третьего мира вдруг начинает видеть воспоминания Юно из первого. Она живет с ощущением, что потеряла нечто очень ценное для себя, но никак не может вспомнить что или кого именно; это сильно беспокоит юную девушку. Что же будет, если она все вспомнит: начало новой игры, начало конца или же все-таки хеппи-энд?