Однажды, когда все враги Земли были повержены, капитан Харлок [キャプテン・ハーロック] оставил свою команду, отправившись бороздить просторы космоса в одиночестве. Но мир и спокойствие не продлились долго. Харлок встречает нового по-настоящему ужасного врага, с которым не сможет справиться в одиночку. На одной из археологических миссий профессор Дайба [台羽博士] невольно пробуждает злую расу, называемую «ну», которая силой страха правила Вселенной ещё до рождения человечества. Спустя пять лет после миссии древнее зло набрало былую силу и, желая обратить мир в первоначальный хаос, начало претворять свой коварный план в жизнь. Космический пират капитан Харлок вновь собирает свою команду! Вместе с былыми товарищами: Кэй Юки [有紀 蛍], доктором Зеро [ドクター・ゼロ] и первым помощником Яттараном [ヤッタラン], а также присоединившемуся к команде «Аркадии» сыном профессора, Тадаси Дайбой [台場 正], Харлок отправляется в бой с таинственным врагом, чтобы в очередной раз защитить Землю.