В 101 год по календарю Галактической Федерации таинственные пришельцы, известные как «НВ» или «Неизвестные Враги», атакуют и разрушают колонию Ован. Все жители погибают, кроме мальчика Флита Асуно [フリット・アスノ]. Мальчик вырос и стал юным техническим гением. В 14 лет, на военной базе Федерации рядом с колонией Нора, он с помощью своих друзей сумел восстановить легендарное оружие древних — Гандам, и стал его пилотом. В день атаки на Ован Флит потерял мать, но та перед смертью дала ему странную фамильную реликвию. С помощью этой реликвии парень смог ввести Гандаму новую функцию — самосовершенствование. Пока Неизвестные Враги на время затаились, но рано или поздно они снова нападут на колонии Федерации, и тогда Гандам покажет им свою обновленную силу!